Zum 1. Januar des Jahres 1906 schloss sich der kleine, aber feine FC Bayern dem größten Club der Stadt, dem gut situierten MSC München an, behielt jedoch unter dem Namen "Bayern, Fußballabteilung des MSC" seine Eigenständigkeit.

Allerdings hatte der MSC eine Aufnahmebedingung gestellt, die das farbliche Erscheinungsbild des FC Bayern bis heute entscheidend prägt:

Die Bedingung lautete, dass der FC Bayern nun in roten statt wie bisher in schwarzen Hosen antreten musste. Schon bald hießen die jetzt in rot-weißen Farben spielenden Bayern im Volksmund "Rothosen".

Der Zusammenschluss des FCB mit dem gleichfalls in Schwabing beheimateten MSC ("Münchner Sport Club") erfolgte aus finanziellen Gründen. Für die sportliche Weiterentwicklung reichte die Finanzkraft der Bayern nicht aus. Das Zusammengehen lohnte sich: Der FCB verzeichnete einen erheblichen Zuwachs an Mitgliedern und Mannschaften und konnte ab 1907 seine Spiele auf dem vereinseigenen Platz an der Leopoldstraße austragen, das einzige Fußballfeld in München, das über eine Tribüne verfügte!